元首旗队设立一个旗队长，阶级为联盟第四级职务，下属四个支队，设一个支队长，各有副手，阶级均为五级，旗队人员定额三千，随缺随补，具有第一优先补给权。
第二战斗旗队，命名为101旗队，这名字也是源自黑暗时代的一只军队——泛大西洋区美利坚国的101空降师。101是个数字，如有玩家谴责，联盟方自有别种解释，如此，这名字就不用改了。
第三战斗旗队，命名为红星近卫旗队。
第四战斗旗队，命名为黑色骷髅旗旗队。这是方大首席提名的，此人看了一部描述黑暗时代的海盗传奇影片，对那飘扬的海盗旗很感兴趣，就此将这名字提了出来。其余四个核心分子听了，觉得名字很有气势，就通过了。
第五战斗旗队，命名为红旗突击旗队。
除第一战斗旗队、领袖旗队外，其他四个战斗旗队定编两千人，各有三个支队，支队以下编制与领袖旗队相同。如此，神农联盟常规战斗力量设立完毕，共计五个旗队，人数大约一万二千人。
当然，各旗队队长人选，旗队成员都没有定，各级指挥人员薪水也待定，现在只是定了旗队名号和旗队定编。关于五旗队称号与人员定编命令，是为联盟第十号文件，编号010。
各旗队职责，成员职责，各级指挥员权力，都没有制定，这些条款太繁琐，只能等直属总监就任后，让其整理出来，交付委员会讨论，再进行授权正式成条文。
直属战斗总监的权力很大，拥有系统的法定权限，可以将他名下的玩家，直接开出旗队序列。并拥有对名下所属成员PK惩罚权，挂掉组织人员不减功德值，这是连核心分子都无法废除的权限。
直属总监开启PK惩罚权后，对自己名下各级所属人员有攻击加成，普通成员加成百分之十，有指挥职务者加成百分之五，以佩戴的飞剑、法宝攻击力为基准。这也是系统法定权限。
并且，直属总监可以成立自己私人的卫队、参谋部，按照当前联盟组织阶位，担任总监者可以成立一只人数百人的私人卫队，人数三十人的参谋部，总监可以自行任命卫队指挥官、参谋人员，并定阶级。
联盟成员共分七级，每级有额定的薪水，核心分子可以对提高薪水，而不能降低薪水，这是最低标准值。每月必须分发，如果不能满额发放薪水，那么系统将在组织评定值扣分，这将直接影响组织的进阶。